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稅務稽查是稅務部門稅務稽查依照法律規定對經營者、義務人和相關涉稅負責人切實履行申報納稅責任義務、扣繳責任義務具體情況及涉稅事宜展開調查處理，以及圍繞調查處理開展的相關相關工作的行政執法行為。
1.稅務稽查區別于稅務部門的常規調查
稅務稽查的執法主體是稅務部門稅務稽查?！抖愂照鞴芊▽嵤┘殑t》第九條第一款明文規定，稅務稽查的法定主要職責是專司偷漏稅、逃避追討欠稅、騙稅、抗稅案件的查處。國稅總局理應明確劃分稅務部門和稅務稽查的主要職責，避免出現主要職責交叉?！币虼?，國稅函[2003]140號《關于稅務稽查主要職責問題的通知》明文規定“在稅務部門與稅務稽查的主要職責未明確之前，稅務稽查的現行主要職責是稽查業務管理、稅務檢查和稅收違法案件查處;凡需要對經營者、義務人展開賬證調查或者調查取證，并對其稅收違法行為展開稅務行政處理(處罰)的執法活動，仍由各級稅務稽查負責”。新的稽查規程也進一步明確了稅務稽查的主要職責。
稅務部門具體實施常規調查的主要職責是清理漏管戶、核查發票、催報催繳、評估問詢，了解經營者生產經營和財務狀況等不涉及立案核查與系統審計的日常管理，不能混淆了稅務部門與稅務稽查的主要職責。國稅總局《關于進一步加強稅收征管基礎工作若干問題的意見》(國稅發(2003)124號)及國稅總局(國稅發[2004]108號)都一再強調要劃清常規調查與稅務稽查的業務邊界，避免出現超越常規調查的主要職責，查處稅收違法案件，導致的執法主體錯誤。
2.稅務稽查區別于納稅評估
稅務稽查理應以客觀事實為根據，以法律為準繩，堅持公平、公開、公正、效率的原則。
納稅評估是稅務部門運用數據信息對比分析的方法，對經營者和義務人(以下簡稱經營者)納稅申報(包括減免緩抵退稅申請)具體情況的真實性和準確性作出定性和定量的判斷，并采取進一步征管措施的管理行為。(國稅發[2005]43號)
評估結果的處理有下列三種具體情況：
(1)自查自糾補繳稅款
注意：稅務約談的對象主要是企業財務會計人員。經營者可以委托具有執業資格的稅務代理人展開稅務約談。
(2)具體實施常規調查
(3)移送稅務稽查
注意：評估具體情況沒有給經營者的文書(有的省送達評估意見書)。納稅評估分析報告和納稅評估工作底稿是稅務部門內部資料，不發經營者，不作為行政復議和訴訟依據。
