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在稅務稽查活動中，一旦出現稅務稽查糾紛，納稅人的頭腦要冷靜，最好坐下來認真分析一下產生稅務稽查糾紛的原因與主要分歧，緊緊圍繞稅收法規思考和處理稅務稽查糾紛。對于稅務稽查人員態度惡劣、粗魯，都應該提出抗議，根據國家公務員法向有關部門提出抗議是完全可以的。納稅者自己的權利應由納稅者自己來保護。
稅務稽查中，發生的糾紛如何解決？
（1）分析稅務稽查糾紛的方法與技巧。
①分析檢查人員有沒有越權。
《中華人民共和國稅收征收管理法》賦予稅務稽查人員六項權利，但納稅人要留意在稅務稽查過程中稽查人員是否越權，如果越權可能會形成執法不當，納稅人完全可以不予理睬，稅務稽查人員主要加有以下六項權利：①查賬權；②場地檢查權；③責成提供資料權；④詢問權；⑤在交通要道和郵電企業的查證權；⑥查核存款賬戶權。
②分析稅務稽查人員掌握的證據是否充分。
事實上，有些稅務稽查人員在查處稅收違法案件過程中可能捕風捉影、牽強附會、生拉硬扯、強行定案。諸如此類問題，在目前的稅務案件中，占有一定的比例，可以說，取證不足是目前基層稅務稽查工作的通病，許多稅務稽查人員的工作底稿取證明顯不足，財務邏輯性不強。此外，對有關事實尚未查清就定案的也屢見不鮮。因此，一旦發生稅務稽查糾紛，納稅人可以依法維護自身的合法權益。
③分析稅務稽查人員的執法程序是否合法。
稅收執法和其他法律部門一樣，在具體的執法過程中，要講究程序，一旦程序錯誤，即使其他方面沒有問題，最終的案件認定也不能成立。
·稅務登記環節：納稅人沒有按照稅法的規定辦理稅務登記、建賬建制、保管稅務機關要求保管的賬冊憑證、向稅務機關報送稅務機關要求報送資料的，稅務機關應先實施教育程序，即限期改正，如果限期不改的，才可以給予處罰。
·納稅申報期限：企業是否超出納稅期限仍未納稅。如果是該納稅的，但未超出納稅期限的不能予以處罰。
·稅務檢查環節：稅收保全、稅收強制執行等環節，稅務機關的做法是否正確，有無強制征收、強行處理的情況。
·稅收執法程序：稅務機關有沒有違反執法程序要求的做法。
④分析稅務稽查糾紛問題的性質。
在處理稅務稽查糾紛過程中，對于每一個納稅人而言，有一個問題必須認真研究，即對所涉及的稅務稽查糾紛問題的性質的界定，是屬于偷稅還是過失（核算錯誤）；是屬于違法還是犯罪。因為納稅人偷稅與納稅人由于核算錯誤而造成的過失，所要承擔的法律責任是不一樣的，一旦被確認為犯罪，情況將更糟。所以，納稅人必須認真辨識自身所存在的問題是屬于偷稅還是屬于過失。
（2）掌握稅務稽查糾紛問題的實質。
①利用知情權了解有關情況。
《中華人民共和國行政處罰法》第三十一條規定，行政機關在做出行政處罰決定之前，應當告知當事人做出處罰決定的事實、理由及依據，并告知當事人依法享有的權利。《稅務案件調查取證與處罰決定分開制度實施辦法》第四條規定，稅務機關的調查機構對稅務案件進行調查取證后，對依法應當給予稅務行政處罰的，應及時提出處罰建議，制作《稅務行政處罰事項告知書》，并送達當事人。這就是說，當稅務機關對納稅人實施檢查并對有關問題進行違法認定及處罰決定之前，納稅人對做出決定的事實、理由和依據有事先知悉的權利。
納稅人在掌握有關違法行為的事實、理由和依據之后，就可以采取相應的措施維護自己的合法權益。納稅人了解稅務案件的查處情況以后，如果發現事實不符，證據不足，依據不充分以及理由不得當等損害自身合法權益的現象存在，就可以向稅務稽查人員及時提出，建議其糾正或調整。在一定的條件下，自己出面或是請代理人與稅務機關進行交涉，如要求聽證等。
②分析具體情況，切準問題實質。
如果納稅人與稅務稽查人員的具體交涉失敗，雙方不能取得一致意見的情況下，納稅人可以進一步用好自己的聽證權和申辯權，把問題搞個水落石出。納稅人參與有關違章問題的處理的有效途徑之一，就是利用聽證權與稅務機關面對面地交換意見，盡可能運用法律武器保護自己的合法權益。
《中華人民共和國行政處罰法》第四十條規定，行政機關做出較大數額罰款之前，應當告知當事人依法享有聽證的權利。也就是在稅務行政處罰決定未正式做出之前，給當事人一個申辯的機會。即在聽證會上，納稅人有申辯的權利、質證的權利、最后陳述的權利，以及申請對有關證據重新核實的權利。如果納稅人申辯的是事實、理由和證據，稅務機關復核后認為成立的，將對原擬定的稅務行政處罰意見進行變更。
正確使用聽證權利，有利于保護納稅人的合法權益，也利于稅務機關做出正確的行政處罰。但是在實踐中納稅人申請要求聽證的寥寥無幾，幾乎放棄了聽證權。《中華人民共和國行政處罰法》第四十一條規定，行政機關拒絕聽取當事人的陳述、申辯的稅務行政處罰決定是不能成立的。第四十二條規定，當事人不承擔行政機關組織聽證的費用。第三十二條又規定，行政機關不得因當事人申辯而加重處罰。由此可見，不花錢又可行，為自己多掙得一次維護自己權益的機會何樂而不為呢？當然，納稅人在進行聽證的時候也要注意幾個問題。
·注意把握聽證的標準。稅務機關是講究工作效率的，只有達到一定的聽證標準，稅務機關才允許進行聽證。
·把握聽證的期限。納稅人在接到稅務機關送達的《稅務行政處罰告知書》后，如果對稅務機關已查明的違法事實、證據、行政處罰的法律依據和擬將給予的行政處罰有疑問或不明的，須在三日內書面向稅務機關申請聽證。當事人應當按期參加聽證，無正當理由不參加的，視為放棄聽證權利。逾期不提出的，納稅人就喪失了這種權利。當然，納稅人由于不可抗力或者其他特殊情況而耽誤提出聽證期限的，在障礙消除后五日以內，可申請延長期限。
·要注意一定的手續。納稅人可以親自參加聽證，也可以委托代理人聽證。委托代理人參加聽證的，應向其代理人出具代理委托書。代理委托書應當注明有關事項，并經稅務機關或者聽證主持人審核確認。此外，納稅人如果認為聽證主持人與案件有直接利害關系的，有權申請聽證主持人回避。
·抓住重點，突出問題。聽證過程中，納稅人或代理人先仔細聽取案件稽查人員就納稅的違法行為以指控的內容、事實、證據材料以及行政處罰建議，然后就所指控的事實及相關問題充分發表自己的意見，進行申辯和質證。
·依法維護自己的合法權利。聽證過程中，納稅人應接受聽證主持人的詢問，如實回答主持人提出的問題，并對自己出示的證據的合法性、真實性進行辯論。辯論終結時，納稅人有最后陳述意見的權利。從程序上說，納稅人須服從稅務機關的稅務處理決定。如對處理決定不服的，可以在接到稅務處理決定書之日起60日內向上一級稅務機關或者法定復議機關申請復議，也可直接向人民法院起訴。
（二）利用稅務行政復議維護企業合法權益
稅務行政復議是指納稅人對稅務機關的稅務行政行為不服，依法向上級稅務機關提出申訴，請求上一級稅務機關對原具體行政行為的合理合法性做出審議，復議機關依法對原行政行為的合理合法性做出表決的行政司法活動。
1.稅務行政復議的受理范國與形式
（1）受理范圍。
①稅務機關做出的征稅行為。征稅行為，包括確認納稅主體、征稅對象、征稅范圍、減稅、免稅、稅、抵扣稅款、適用稅率、計稅依據、納稅環節、納稅期限、納稅地點和稅款征收力式等具體行政行為，征收稅款、加收滯納金，扣繳義務人、受稅務機關委托的單位和個人做出的代扣代繳、代收代繳、代征行為等。
·征收稅款、加收滯納金。
·扣繳義務人、受稅務機關委托征收的單位做出的代扣代繳、代收代繳行為。
②行政許可、行政審批行為。
③發票管理行為，包括發售、收繳、代開發票等。
④稅收保全措施、強制執行措施。
⑤行政處罰行為：
?罰款。
·沒收財物和違法所得。
·停止出口退稅權。
④不依法履行下列職責的行為：
·頒發稅務登記。
·開具、出具完稅憑證、外出經營活動稅收管理證明。
·行政賠償。
·行政獎勵。
·其他不依法履行職責的行為。
·資格認定行為。
·不依法確認納稅擔保行為。
·政府信息公開工作中的具體行政行為。
·納稅信用等級評定行為。
·通知出入境管理機關阻止出境行為。
·其他具體行政行為。
